In einer 7 Gehminuten Entfernung vom Hotel Ndalem Nugraheni Villa Yogyakarta liegt Masjid Nurul Huda Gemawang.
Das Hotel befindet sich knapp 4 Kilometer von der Jalan Malioboro entfernt. Zudem liegt der Pelangi Gartennur 1 Kilometer von hier entfernt. Kulturelle Sehenswürdigkeiten in der Umgebung sind der Palast von Yogyakarta (6 km) und der Tugu Pal Putih (3 km). Auch die UGM Campusmoschee ist in einer 25 Gehminuten Entfernung vom Ndalem Nugraheni Villa Yogyakarta. Das Hotel liegt außerdem in unmittelbarer Nähe von der Bushaltestelle Halte Ring Road Utara.
In der Nachbarschaft gibt es verschiedene Lokale, darunter das Restaurant Chimac Jogja, das etwa 600 Meter von der Unterkunft entfernt ist.